Untuk mendeteksi virus penyebab COVID-19, diperlukan pemeriksaan yang disebut Polymerase Chain Reaction (PCR) dan rapid test Antigen maupun Antibodi. Kedua jenis pemeriksaan ini bertujuan untuk menentukan apakah seseorang terinfeksi virus SARS COV-2 atau tidak. Tes PCR yang masih banyak digunakan dapat mendeteksi infeksi, termasuk infeksi Omicron, seperti yang telah diamati pada varian-varian lain. Untuk rapid tes Antigen dan Antibodi masih dalam tahap penelitian dalam kemampuannya mendeteksi Varian Omicron.

---

Deteksi dan identifikasi varian virus SARS-CoV-2 dapat dilakukan melalui beberapa tahapan dan metode. Tahapan awal dilakukan proses skrining, dengan pemeriksaan RT-PCR (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction) / pemeriksaan NAAT (Nucleic Acid Amplification Test), menggunakan 2 (dua) jenis reagen yaitu:

---

1. Reagen yang dapat mendeteksi mutasi langsung (mutation-detecting NAAT assays) dengan target deteksi mutasi yang telah diketahui terhadap varian tertentu.

---

2. Reagen dengan gene target failure; yaitu reagen RT-PCR yang salah satu gen targetnya terbukti terdampak mutasi terhadap varian tertentu, namun gen target lain masih terdeteksi sehingga masih memberi hasil positif. Dikarenakan mutasi virus SARS-CoV-2 diketahui paling banyak terjadi pada gen S yang menyebabkan kegagalan reagen tertentu untuk mendeteksi gen target S; yang dikenal dengan istilah S-Gene Target Failure (SGTF).

---

Untuk itu, pemeriksaan skrining harus menggunakan reagen NAAT yang telah diuji atau divalidasi secara resmi terhadap varian yang ada saat ini. Selain itu, pemeriksaan skrining ini juga tetap harus dikonfirmasi dengan pemeriksaan Whole Genome Sequencing (WGS), karena
WGS merupakan pemeriksaan yang dapat mengidentifikasi dan menentukan secara spesifik jenis varian SARS-CoV-2.

---

Adapun strategi pemeriksaan skrining terhadap varian omicron dapat dilakukan melalui 4 (empat) strategi yaitu:

---

Strategi 1.
Pemeriksaan menggunakan reagen NAAT/PCR yang rutin digunakan (tidak terdampak mutasi / non-SGTF). Bila didapatkan hasil positif SARS CoV-2 dan memenuhi syarat pemeriksaan WGS, maka spesimen dikirimkan ke laboratorium rujukan WGS.

---

Strategi 2.
Pemeriksaan sekaligus skrining varian menggunakan reagen NAAT/PCR yang terdampak mutasi (SGTF) :
a. Spesimen positif SARS-CoV-2 namun gen S tidak terdeteksi (SGTF) dan memenuhi syarat pemeriksaan WGS dikirim ke laboratorium rujukan WGS sebagai spesimen prioritas.
b. Spesimen positif SARS-CoV-2 dengan gen S terdeteksi >> dapat dikirimkan ke laboratorium rujukan WGS bila memenuhi syarat pemeriksaan WGS.

---

Strategi 3.
Pemeriksaan menggunakan reagen NAAT/PCR yang terdampak mutasi (SGTF) dengan keterbatasan persediaan reagen.

Tahap 1 >> Pemeriksaan menggunakan reagen NAAT/PCR yang rutin digunakan (non SGTF) → bila hasil positif, dapat dilanjutkan ke tahap 2.
Tahap 2 >> Skrining pemeriksaan varian menggunakan reagen NAAT/PCR terdampak mutasi (SGTF) :
a. Hasil positif SARS-CoV-2 dengan gen S tidak terdeteksi (SGTF) dan memenuhi syarat pemeriksaan WGS dikirim ke laboratorium rujukan WGS sebagai spesimen prioritas;
b. Hasil positif SARS-CoV-2 dengan gen S terdeteksi dapat dikirimkan ke laboratorium rujukan WGS bila memenuhi syarat pemeriksaan WGS.

---

Strategi 4.
Laboratorium memiliki reagen NAAT/PCR khusus yang dapat
mendeteksi mutasi
Tahap 1 >> Pemeriksaan menggunakan reagen NAAT yang rutin digunakan (non SGTF) → bila hasil positif, dapat dilanjutkan ke tahap 2.
Tahap 2>> Skrining pemeriksaan varian menggunakan reagen NAAT khusus yang dapat mendeteksi mutasi.
a. Hasil positif dan terdeteksi adanya mutasi tertentu dan memenuhi syarat pemeriksaan WGS dikirim ke laboratorium rujukan WGS sebagai spesimen prioritas;
b. Hasil positif tanpa terdeteksi mutasi tertentu dapat dikirimkan ke laboratorium rujukan WGS bila memenuhi syarat pemeriksaan WGS.

---

Syarat Pemeriksaan Whole Genome Sequencing (WGS):

Spesimen/sampel pemeriksaan yang digunakan untuk pemeriksaan WGS adalah specimen/sampel pasien COVID-19 yang memenuhi persyaratan sesuai dengan pedoman dari Balitbangkes, yang merupakan persyaratan utama, yaitu:

▪︎ Hasil pemeriksaan RT-PCR positif dengan nilai Cycle threshold (Ct value) rendah (umumnya < 30 pada pemeriksaan yang menggunakan reagen dengan cut off sekitar 40)
▪︎ Volume spesimen minimal 600 μL.

---

Syarat tambahan pemeriksaan WGS yaitu Pasien termasuk dalam salah satu dari kriteria kasus berikut:
a. Pelaku perjalanan internasional atau pekerja migran yang tiba di Indonesia;
b. Orang dari daerah perbatasan Indonesia dengan negara tetangga;
c. Area dimana terjadi peningkatan kasus dan kluster/penularan yang cepat;
d. Orang yang berpartisipasi dalam uji coba vaksin dan/atau telah divaksinasi secara lengkap (full dose);
e. Orang dengan riwayat infeksi dan infeksi ulang;
f. Orang dengan gangguan kekebalan tubuh (autoimmune disorder) dan penyakit komorbid (HIV, TB, dll)
g. Anak-anak dengan usia < 18 tahun pada daerah yang terjadi peningkatan kasus pada anak
h. Orang dengan gejala klinis sakit parah yang berusia < 60 tahun dan tidak memiliki penyakit penyerta;
i. Semua kasus positif SARS-CoV-2 yang kontak dengan kasus SARSCoV-2 kategori VOC (variants of concern) dan VOI (variants of interest).

---

Apabila hanya ada sedikit jumlah kasus positif dengan Ct value rendah, maka semua spesimen dengan hasil Ct value rendah tersebut dapat dikirimkan untuk dilakukan WGS tanpa melihat kriteria kasus tersebut di atas, sebagai langkah untuk tetap memantau varian-varian SARS-CoV-2).

---

PERSIAPAN PASIEN DAN BAHAN PEMERIKSAAN
▪︎ Pemeriksaan panel paru tidak memerlukan persiapan khusus sebelumnya.
▪︎Bahan pemeriksaan yang digunakan adalah usap hidung dan tenggorokan.

---

Keterangan lebih lanjut, silahkan menghubungi Laboratorium Klinik PRAMITA cabang terdekat di kota Anda.

---

Penulis : S.M.Susianna.,dr.,Sp.PK (Dokter Penanggung Jawab Laboratorium Klinik PRAMITA Cabang Jl. Martadinata No. 135 Bandung)